都指揮使司為明代地區(qū)軍事總機(jī)構(gòu)，長官有都指揮使1人（正二品）、都指揮同知2人（從二品）、都指揮僉事4人（正三品），其屬有經(jīng)歷司經(jīng)歷（正六品）、都事（正七品）。斷事司斷事（正六品）、副斷事（正七品）、吏目各1人。司獄司司獄（從九品），倉庫、草場、大使、副使各一人。行都指揮使司，設(shè)官與都指揮使司同。長官之中有一人統(tǒng)司事，稱掌印，簡稱都司，位次在布、按兩司之上?！睹魇?middot;職官志五》說：“都司掌一方之軍政，各率其衛(wèi)所以隸于五府，而聽于兵部。”

衛(wèi)指揮使司設(shè)官與京衛(wèi)同。外衛(wèi)皆統(tǒng)于都司及行都司。衛(wèi)以下為千戶所，千戶所又轄百戶所。千戶所有正千戶1人（正五品），副千戶2人（從五品），鎮(zhèn)撫2人（從六品）。其屬吏目1人。千戶所轄百戶所10個(gè)，共有百戶10人（正六品），總旗20人，小旗100人。刑獄則歸鎮(zhèn)撫掌管。凡衛(wèi)所皆隸于都司，而都司又分隸于五軍都督府。自衛(wèi)所以下，其官兵多世襲，這是明代特殊制度之一。

都督府的都督名稱后來變?yōu)榭疹^的官階，而統(tǒng)兵之官則須別加總兵、副總兵、參將、游擊將軍、守備、把總等名目?！睹魇?middot;職官志五》：“總鎮(zhèn)一方者為鎮(zhèn)守，獨(dú)鎮(zhèn)一路者為分守，各守一城一堡者為守備，與主將同守一城者為協(xié)守。又有提督、提調(diào)、巡視、備御、領(lǐng)班、備倭等名。凡總兵、副總兵一職均須有公、侯、伯、都督爵銜者充任。其總兵掛印稱將軍者，云南曰征南將軍，大同曰征西將軍，湖廣曰平蠻將軍，兩廣曰征蠻將軍……其在薊鎮(zhèn)、貴州、湖廣、四川及儹運(yùn)淮安者，不得稱將軍掛印。宣德間，又設(shè)山西、陜西二總兵。嘉靖間，分設(shè)廣東、廣西、貴州、湖廣二總兵為四，改設(shè)福建、保定副總兵為總兵，又添設(shè)浙江總兵。萬歷間，又在臨洮、山海增設(shè)總兵。至明代末年，總兵官增置繁多，不可勝記。總兵在明代本為無品級(jí)之差委，至清代則為正二品的正規(guī)武職。

此外，還有軍民府、土州、土縣，其官員設(shè)置，與府、州、縣制相同。

掌管天津衛(wèi)的最高官員就是天津衛(wèi)指揮使，一位正三品的軍事長官。明朝中央機(jī)構(gòu)在初期設(shè)有三公(太師、太傅、太保)、三孤(少師、少傅、少保)。但這些基本上屬于榮譽(yù)稱號(hào)而非實(shí)授。處理具體政務(wù)的是中央設(shè)立的中書省，左右丞相總理吏、戶、禮、兵、刑、工六部事務(wù)。到1380年，朱元璋廢除中書省及丞相制，分中書省及丞相權(quán)力歸屬六部，由六部尚書(相當(dāng)于各部的部長)直接對(duì)皇帝負(fù)責(zé)分理國家諸事。此外還設(shè)有具備司法功能的大理寺、相當(dāng)于現(xiàn)在紀(jì)檢部門的都察院等一些職能部門。

在地方上，明朝在各省設(shè)立布政司，左、右布政使各1人，是本省的最高行政長官；提刑按察使1人，負(fù)責(zé)司法之事；而本省軍事防務(wù)的責(zé)任就落到了都指揮使肩上。可謂是三司權(quán)責(zé)分明。