柯爾克孜人最初是崇拜圖騰。有名的圖騰是雪豹和鹿(柯語翻譯為buhu,柯爾克孜族世界著名作家艾特瑪托夫的小說《白輪船》講述的也是跟母鹿有關(guān))。除此,還信仰“烏買”女神(umai ene)。信奉祖先和天神,他們朝南方禱告,崇拜太陽,認為火星不吉利。到了清代,才轉(zhuǎn)信伊斯蘭教,屬于正統(tǒng)的遜尼派??聽柨俗巫褰^大部分人信仰伊斯蘭教。他們早在16世紀中葉就已經(jīng)開始信奉伊斯蘭教了。他們信仰伊斯蘭教遜尼派的哈納菲派。禮拜寺是教徒活動的主要場所。禮拜寺多數(shù)建在城市。教規(guī)五功:“念功”、“拜功”、“課功”、“齋功”、“朝功”。